Los terrenos que conforman los actuales municipios de Elgoibar y Mendaro están constituidos por rocas sedimentarias, es decir, por rocas originadas a partir de los sedimentos que se depositaron durante millones de años en el fondo de una cuenca marina.

Durante el cretácico, hace más de 120 millones de años, prácticamente toda Euskal Herria estaba cubierto por un mar cálido en el que se depositaban, principalmente, los materiales arrancados por la erosión al cercano Macizo Hespérico, más o menos, la mitad occidental de la Península Ibérica que ya se encontraba emergida de las aguas.

De las arenas, arcillas y materiales carbonatados depositados en aquel fondo marino provienen las areniscas, arcillas pizarrosas, margas y calizas que encontramos en la mayor parte del municipio de Elgoibar, aunque en el de Mendaro encontramos mayormente calizas. Esto último se explica por la poca profundidad de aquel mar cálido y la limpieza de sus aguas, que favorecieron el desarrollo de arrecifes coralinos que son el origen de las principales sierras del País Vasco. Sierras calcáreas como el macizo de Izarraitz-Arno que engloba la mayoría de los montes de Mendaro.

Al contrario que el resto de nuestras rocas sedimentarias que aparecen perfectamente estratificadas, es decir, dispuestas en capas de grosor variables debidas a los cambios en las condiciones de sedimentación, las calizas de Mendaro se presentan de forma masiva, sin estratificaciones visibles, ya que son el producto de enormes acumulaciones ininterrumpidas de esqueletos coralinos. Se calcula que el espesor de las calizas de Izarraitz-Arno supera los 700 metros.

En el municipio de Elgoibar estas calizas recifales masivas sólo se encuentran en el bloque kárstico de Momiola (Muniola en castellano) y en la actualidad están siendo explotadas por la cantera Aizkoltxia.

Aunque estratos calizos, intercalados entre otros de areniscas o arcillas pizarrosas, son habituales dentro del municipio de Elgoibar, sólo hemos encontrado otro verdadero bloque calcáreo en el entorno del caserío Erreketa, que incluso ha posibilitado la formación de un microkarst.

Al igual que en las calizas recifales, también en estas calizas de Erreketa parece que ha sido determinante la acumulación de esqueletos o caparazones de seres marinos para su formación, con la diferencia de que ha sido de orbitolinas, y no de corales.

Las orbitolinas son una clase una clase de foraminíferos o seres marinos con esqueleto o caparazón, que se caracterizan por poseer una concha en forma de sombrero chino. Teniendo en cuenta que muchos de ellos se observan normalmente al microscopio, el hecho de que las orbitolinas puedan llegar a medir hasta 5 cm de diámetro las sitúa dentro de los grandes foraminíferos, aunque en las calizas de Erreketa no hemos encontrado orbitolinas de más de 1,4 cm de diámetro. Las orbitolinas también se caracterizan por ser organismos típicos de aguas cálidas y grandes formadoras de rocas.

A nuestro mar cretácico también llegaban restos vegetales procedentes de las tierras emergidas circundantes, y aunque en el municipio de Elgoibar a penas si hemos encontrado alguna traza vegetal fósil, en el municipio de Deba encontramos restos vegetales fósiles más importantes que señalan algún punto privilegiado de sedimentación de estos.

Hace unos 87 millones de años el fondo de la cuenca de este mar cretácico se vio agitado por la actividad volcánica, y grandes masas de basaltos almohadillados se acumularon en una amplia franja que actualmente se extiende entre Gernika y Zumarraga. En el municipio de Elgoibar, estos basaltos ocupan alrededor de un tercio de su término, desde Kalamua hasta la cabecera del valle de Sallobente – Ermuaran. En esta época los arrecifes coralinos ya estaban enterrados por los sedimentos procedentes de la erosión de los macizos emergidos circundantes.

A finales del cretácico se producen una serie de movimientos tectónicos que anuncian la orogénesis alpina y que comienzan a provocar el levantamiento y plegamiento de los sedimentos acumulados en nuestro mar cretácico. Así, hace unos 60 millones de años, al principio de la era terciaria, gran parte de Bizkaia y Gipuzkoa ya se hallaba emergida, y con ellas los municipios de Elgoibar y Mendaro. Los posteriores grandes movimientos de la orogenia alpina también nos afectarían; pero en nuestro territorio ya había comenzado un nuevo capítulo geológico, el de la erosión y modelado del paisaje que conformarán la historia geológica de Elgoibar y Mendaro.