Articulación del museo
El museo se distribuye actualmente en cuatro salas principales de exposición, sala inicial o de los Osos, la evolución de la técnica, sala de Invertebrados y la sala de Vertebrados. Contamos también con un laboratorio donde preparamos, restauramos y catalogamos los fósiles y minerales que exhibimos en las vitrinas, en él se disponen de las herramientas necesarias para tal labor, así como una amplia bibliografía para poder determinar y catalogar tanto los fósiles como los minerales. Destacamos también una pequeña sala o camareta de fluorescencias, donde podemos ver tanto fósiles como minerales con una rara cualidad cromática, como es la de volverse fluorescentes con la luz UVA. Así mismo, disponemos de un sótano acondicionado a modo de cueva con cuatro salas bien diferenciadas en donde podemos contemplar formaciones y espeleotemas propios de éstas, útiles y herramientas utilizadas en la espeleología, diferentes animales troglobios y xenobios que habitan las cavernas, así como una serie de recreaciones de las pinturas rupestres más importantes y conocidas del mundo ordenadas de forma cronológica.
Las salas de exposición se articulan mediante un recorrido museístico compuesto por fósiles (tanto de vertebrados como de invertebrados), minerales, rocas y elementos nativos, así como diversos utensilios arqueológicos ordenados cronológicamente (desde el paleolítico inferior hasta la época romana) para divulgar una forma muy particular de entender la evolución de la técnica a través de las diversas herramientas que los seres humanos inventamos en cada época para dar respuesta a las diferentes necesidades de cada momento.
Disposición y número de piezas
Actualmente en el museo se exhiben 5.136 piezas, que podemos desglosar de la siguiente manera:
| Fósiles | 3.530 piezas |
| Minerales | 1.020 |
| Fauna subterránea (animales cavernícolas) | 30 |
| Conchas ( malacología) | 110 |
| Elementos arqueológicos | 375 |
| Elementos de minería | 35 |
| Cráneos y esqueletos | 36 |
Salas de exposición

Sala de los Osos
Sala de recepción. En esta sala comienza la visita al museo donde se explica a grandes rasgos lo que veremos a continuación. A través de una charla participativa se introduce al visitante en el mundo de los fósiles y minerales, los animales, las plantas y cualquier otra forma de vida, y el papel que juega cada uno de ellos en la evolución de la vida en la tierra, pero no solo se habla de como evolucionan las especies, si no también de la historia de la vida de estas y como los movimientos tectónicos, cambios climáticos y los grandes desastres naturales destruyen ecosistemas enteros, extinguiendo gran parte de las especies dominantes y llevando al borde de la desaparición a muchas otras, para después dejar paso a las nuevas especies que surgen tras estos grandes desastres.

Sala de invertebrados
Formada por doce grandes vitrinas murales: diez dedicadas a fósiles de invertebrados, una a flora fósil y otra a minerales de la clase de los carbonatos.

Sala de la Evolución
Sala tipo corredor con diversas vitrinas dedicadas a mostrar la evolución de la técnica mediante las herramientas fabricadas por el hombre a través de la prehistoria y la historia antigua. En esta sala también se muestran fósiles y minerales de nuestro más cercano entorno con una vitrina albergando piezas recogidas en los montes, cuevas, minas y canteras de Elgoibar, una vitrina con ejemplares de Gipuzkoa, una de Bizkaia, dos vitrinas de Araba y para terminar una de Nafarroa.

Sala de vertebrados y minerales
Más de 900 piezas, de las cuales 400 son de fósiles vertebrados agrupados por tipos diferentes: peces, mamíferos, aves y reptiles repartidos en 8 vitrinas. También disponemos de 5 vitrinas con minerales ordenados por clases, como los elementos, sulfatos, carbonatos, óxidos, minerales orgánicos… Una completa muestra que embellece de manera destacada esta sala de Mufomi.
Cámara de Fluorescencias
Una de las joyas del museo de fósiles y minerales es sin duda la cámara de fluorescencias. El atractivo que tiene para los visitantes, sobre todo los más jóvenes, es bastante singular. El espectacular y vistoso cambio cromático que producen las lámparas de luz negra es sin duda un grato recuerdo que se llevan los visitantes de Mufomi.
Galería
ACTIVIDADES PEDAGÓGICAS
VISITAS ORGANIZADAS EN GRUPOS
Aunque la labor cultural es esencial, el museo se centra mayormente en una labor pedagógica, educativa y divulgativa, encaminada a niños, jóvenes y público en general. No obstante, también son importantes las visitas de adultos, asociaciones y toda aquella persona que sienta inquietud y curiosidad por todo lo que esconden las entrañas de nuestra tierra.
A lo largo de los últimos años el museo ha recibido numerosas visitas de gente interesada tanto en el tema de mineralogía como en el de la paleontología. Son aficionados, coleccionistas, gente que ama la naturaleza o simple y llanamente curiosos que demandan ver lo que tiene el museo.
Paralelamente a este tipo de gente, muchas de las visitas que vienen al museo son organizadas: escuelas, ikastolas, universidades, centros de formación profesional, organizaciones de tiempo libre, etc. A estos grupos organizados se les presenta el museo por medio de una visita guiada de aproximadamente una hora de duración, en la cual se trata de explicar el contenido del museo y la historia de la evolución a través de los diferentes tipos de fósiles, tanto de vertebrados como de invertebrados que se conservan en el museo. Igualmente se explica la evolución de la técnica humana a través de sus útiles y herramientas y cómo esta misma evolución puede alterar la de las especies animales al transformar su hábitat y su entorno.
Terminamos la visita guiada comentando los aspectos más destacados de los minerales y tras ello se muestran los minerales que se exhiben en la cámara de fluorescencias, un espectacular colofón que pone punto final a la visita. Además, en algunas ocasiones, se recurre a audiovisuales para reforzar la visita, así como a charlas y coloquios con ruegos y preguntas.

GALERÍA
Actinocrinites gibsoni y Cyatocrinites multibrachiatus
Actinocrinites gibsoni y Cyatocrinites multibrachiatus